Im Mittelalter waren Schalmeien – Instrumente, die mit einfachem oder doppeltem Rohrblatt angeblasen wurden – in Europa weit verbreitet.

Vorläufer der modernen Fagotte und Oboen war ein Schalmeientypus mit meist 7 Grifflöchern, der konisch gebohrt war und mit Doppelrohrblatt angeblasen wurde: der Typus der Bomharte oder Pommer.
Im 16. Jahrhundert entwickelte sich nach dem Vorbild der menschlichen Stimme eine instrumentale Mehrstimmigkeit, die den Bau von Instrumentenfamilien förderte. Die Familie der Bomharte oder Pommer hatte während der Renaissance Vertreter in sieben Stimmlagen, von der dreigestrichenen Oktave (Diskant-Schalmei; aus ihr entwickelte sich in direkter Linie die Oboe) bis zur Kontraoktave (Großbasspommer). Ihren Namen hatte sie von den tiefen Instrumenten, den Bomharten (von lateinisch bombus: „dumpfes Geräusch“, „Brummen“), erhalten.

Im Zuge der Versuche, den Tonumfang in der Tiefe auszuweiten, entstand auch bei den Holzbläsern der Bedarf nach einem Bassinstrument, das einerseits beweglich und laut genug, andererseits leicht in der Handhabung war. Mit dem Doppelquint-Großbasspommer als tiefstem Vertreter waren die Schalmeien an ihre Grenzen gestoßen: Abgesehen davon, dass sein fast 3 Meter langes, gerades Instrumentenrohr sehr unhandlich war, war eine Ausdehnung seines Tonumfanges in der Tiefe (unter F₁) schon allein aus grifftechnischen Gründen undenkbar.

Um ein handliches Bassinstrument zu erhalten wurden Versuche unternommen, das Instrumentenrohr nach Vorbild der Trompeten und Posaunen durch "Falten" zu verkürzen. In der 2. Hälte des 16. Jahrhunderts gipfelten diese Bemühungen im Bau eines Instrumentes, dessen Korpus im Wesentlichen aus einem U-förmig ausgehöhlten Holzblock bestand. Der Bohrungsverlauf war durchgehend konisch. Am engen Rohrende wurde ein S-förmiges Metallröhrchen aufgesteckt, an dem das Doppelrohrblatt befestigt war. Das andere Ende wurde zu einem Schallbecher erweitert.

Das neue Instrument wurde aufgrund seines weichen und angenehmen Klanges, der es deutlich von den Pommern abhob, Dulzian (" Zartklinger") genannt. In welchen Werkstätten Dulziane, die direkten Vorläufer des modernen Fagotts, zuerst gebaut wurden, ist nicht bekannt.

Als direkter Vorläufer des modernen Fagotts wurde lange Zeit das sogenannte Phagotum angesehen, ein Instrument mit zwei parallelen Holzpfeifen. Es stellte sich jedoch heraus, dass dieses vom italienischen Instrumentensammler Afranio degli Albonesi ab 1513 konstruierte Instrument den Sackpfeifen zuzuordnen ist, da es Metallzungen hatte, die mit Blasebälgen in Schwingung gebracht wurden.

Schon sehr früh existierten parallel zu Dulzian die Bezeichnungen Fagott (fagot), Kortholt und Basson.

Der französische Begriff fagot hieß soviel wie „Bündel, Reisigbündel“, er benannte im frühen 16. Jahrhundert in Italien erstmals ein Musikinstrument. Die Bezeichnung Kortholt („Kurzholz“) erhielt das Instrument, weil es durch die U-Form stark verkürzt wurde. Der französische Begriff basson bedeutete ursprünglich ganz allgemein „Bass“.

Dulziane wurden in mehreren Stimmungen gebaut. Praetorius führt im 2. Band seines „Syntagma musicum“ (1620) insgesamt 8 Stimmungen an.

Eine Sonderstellung unter den Dulzianen nimmt von Anfang an das Choristfagott ein, das erstmals 1592 in Zacconis „Prattica di musica“ erwähnt wird. Es war ca. einen Meter hoch, hatte 8 Grifflöcher und 2 Klappen. Sein Tonumfang reichte von C bis g1 (die Töne ab c aufwärts wurden durch Überblasen erzeugt). Der Schallbecher war oft mit einem perforierten Deckel versehen, was dem Instrument die Klangwirkung einer gedackten Orgelpfeife verlieh.

Seinen Namen hatte das Choristfagott möglicherweise aufgrund der Tatsache erhalten, dass es die Bassstimme des Chores verstärkte. Es spielte eine tragende Rolle in der sakralen Musik des 17. Jahrhunderts und in Folge auch in der Oper und in der konzertanten Musik, wo es sich zunehmend von seiner Rolle des Bassverstärkers befreite und im Consort zusammen mit anderen Dulzianen, in kleinen Ensembles und sogar solistisch (z.B. in Selma y Salaverdes Canzoni, fantasie et correnti, 1638) hervortat. Im Orchester kam das Instrument wahrscheinlich erstmals 1668 in Antonio Cestis Oper „Il pomo d’oro“ zum Einsatz.

Im 17. Jahrhundert wurden an die Spieltechnik der Streichinstrumente bereits hohe Anforderungen gestellt, die diese auch erfüllen konnten. An die Blasinstrumente wurden nun auch höhere Ansprüche gestellt, vor allem was den Tonumfang und die Klangqualität betraf. Die geänderten Anforderungen führten dazu, dass der Pommer mit seinem unflexiblen Ton und geringen Tonumfang langsam ausstarb, während der Dulzian über die besten Voraussetzungen zur Weiterentwicklung verfügte.

Mitte des 17. Jahrhunderts begann man ausgehend von Amsterdam, Paris und Nürnberg damit, den Instrumentenkorpus des Choristfagottes in 4 Teilen zu bauen: Flügel, Stiefel, Bassröhre und Schallbecher. Der Tonumfang des neuen 4-teiligen Instrumentes, für das sich der Name Fagott (bzw. französisch: basson) einbürgerte, wurde nach unten um einen Ganzton erweitert. Damit konnte das Fagott, das nunmehr 3 Klappen (F, D und B₁) hatte, in der Tiefe mit dem zeitgenössischen Bassinstrument der Streicher, dem basse de violon, mithalten. Die Töne H₁ und Cis fehlten ihm jedoch.

Fagott, München, Stiegler (Deutschland), zwischen 1770 und 1815, 8-Klappensystem. Leihgabe: Alois Fischer, Windischgarsten (Musikinstrumentenmuseum Schloss Kremsegg, Austria, Sammlung Streitwieser)

Das neue Fagott erfüllte verschiedene Funktionen: Zusammen mit 2 Oboen formierte es eine Holzbläsergruppe, die als Kontrast zu den Streichern eingesetzt wurde (z.B. bei Jean Baptiste Lully oder Henry Purcell). Es erhielt Obligatopartien im Orchestersatz (z.B. bei J.S. Bach), und viele Komponisten schrieben Fagottkonzerte (z.B. Antonio Vivaldi). Kammermusikalisch wurde es oft in Sonaten und Triosonaten eingesetzt (z.B. bei Georg Friedrich Händel und Jan Dismas Zelenka [1679–1745]). In der Epoche der Klassik entstanden zahlreiche kammermusikalische Werke für Fagott und Streicher, im Orchester war das Fagott zweifach besetzt.

Im 18. Jahrhundert konzentrierten sich die Verbesserungen am Fagott vorwiegend auf das Anbringen weiterer Klappen.

Eine vierte (Gis-Klappe für den rechten kleinen Finger) erhielt das Fagott um 1700 – sie legte die Spielhaltung der Hände endgültig fest (rechte Hand unten). Weitere Klappen sollten die Qualität einiger tiefer Töne, die bis dahin durch Gabelgriffe erzeugt wurden, verbessern. Ein großer Entwicklungsschritt war das Anbringen von Oktavklappen (nachgewiesen seit 1787), die das Überblasen wesentlich erleichterten. Die bekanntesten klassischen Werkstätten waren in Frankreich Bizey, Lot und Prudent, in Deutschland Grundmann und Grenser.

Auf Fagotten mit 5 Klappen ließen sich in der Höhe schon die Töne bis zum f2 erzeugen, jedoch bewegten erst Fagotte mit zusätzlichen Oktavklappen die zeitgenössischen Komponisten dazu, Töne über dem g1 vorzuschreiben. Um 1810 wurden Modelle mit 6 Klappen und 2 zusätzlichen Oktavklappen am Flügel (für a1 und c2) zum Standard.

Der Fagottbau hatte, verglichen mit den anderen Holzblasinstrumenten, während des 18. Jahrhunderts nur wenige wesentliche Impulse erhalten. Dies zeigte sich Anfang des 19. Jahrhunderts deutlich, als das Fagott den wachsenden klanglichen und technischen Anforderungen im Orchester und in der Sololiteratur nur mehr schwer gerecht werden konnte: Die Töne H₁ und Cis fehlten nach wie vor in der Skala, eine Reihe weiterer Töne konnte nur in sehr schlechter Qualität erzeugt werden, und ein Legatospiel gestaltete sich insbesondere in Tonarten mit vielen Vorzeichen als sehr schwierig.

Diese Situation änderte sich im 19. Jahrhundert durch die Innovationen einiger Instrumentenbauer, insbesondere durch die umfassende Reform Carl Almenräders (1786–1843) grundlegend.

Führende Werkstätten in Paris, Wien und Dresden lieferten wertvolle Beiträge zur Beseitigung des Stimmungsproblems, indem sie ihre Instrumente mit Stimmzügen am Flügel versahen oder Flügelstücke bzw. S-Bögen verschiedener Länge anboten. Klappen für H1 und Cis wurden angebracht. Um die Lautstärke zu erhöhen, wurden auch Versuche unternommen, den Schallbecher zu erweitern. Der Stiefel erhielt das kurze, U-förmige Verbindungsstück anstelle des Korkteils.

In Deutschland entwickelte der Mainzer Fagottist und Instrumentenbauer Carl Almenräder von 1817 an in jahrelanger Arbeit ein technisch ausgereiftes, spieltechnisch bewegliches und klanglich ausgeglichenes Fagott.

Nebst den eigenen mechanischen Verbesserungen berücksichtigte Almenräder in seiner Arbeit auch Erfindungen anderer Instrumentenbauer sowie Vorschläge seines Freundes Gottfried Weber, der sich intensiv mit der Akustik der Holzblasinstrumente beschäftigt hatte. Er platzierte die Tonlöcher von A abwärts näher am Schallbecher und vergrößerte deren Durchmesser. Das Resonanzloch im Schallbecher ersetzte er durch eine offene Klappe für H1.

1843 erschien Almenräders umfangreiches Lehrwerk zu seinem 17-klappigen Fagott, das einen chromatischen Umfang von B₁–b2 bot, also vier Oktaven. Nach seinem Tod führte sein Kompagnon Johann Adam Heckel (1812–1877) die 1831 gemeinsam gegründete Werkstätte weiter.

Nach einigen Adaptionen hat das deutsche Almenräder-Heckel-Fagott heute 25–27 Klappen. Es verbreitete sich ausgehend vom deutschsprachigen Raum und wurde im 20. Jahrhundert international zum Standard.

Daneben ist in Frankreich, den romanischen Ländern und Teilen Kanadas ein französisches Modell mit 22 Klappen, der Basson, in Gebrauch.

Der Basson ist ein Modell mit längerer, enger konischer Bohrung und engeren Tonlöchern. Im Unterschied zum deutschen Fagott hat der französische Basson eine geschlossene B1-Klappe, die Tonlöcher für H1, Cis und Dis sind auf der Vorderseite gebohrt, das für E (am Stiefel) hat keine Klappe. Er entstand in den Werkstätten von J.F. Simiot de Lyon, Frederic Guillaume Adler (gest. 1857), Savary (1786–1859), Jean Nicolas (1786–1853), Frederic Triébert (1813–1878) u.a. und wurde später von der Firma Buffet-Crampton weiter verfeinert.