Das Rohr des Kontrafagottes setzt sich aus 6 Teilen zusammen:

S-Bogen: ein S-förmiges, dünnes Metallrohr wie beim Fagott;
Groß-S: ein ca. 90 cm langes, U-förmiges Metallrohr, das 3 Löcher für die Oktavklappen enthält. An der Unterseite der Biegung sitzt eine Klappe, mit der Kondenswasser abgelassen werden kann. Die Biegung selbst ist manchmal auch ausziehbar und als Stimmzug zu verwenden;
Flügelstück: aus Ahornholz;
Mittelstück: aus Ahornholz, 2-teilig;
Bassröhre: aus Ahornholz, 2-teilig;
Schallstück: ein gerade auslaufendes Rohrstück aus Holz, das nach oben zeigt (C-Stürze); kann ausgetauscht werden gegen ein ausladendes, metallenes Schallstück, das gebogen ist und nach unten ausläuft (A-Stürze).

Das Kontrafagott besteht somit aus 4 parallel verlaufenden Rohrteilen (Groß-S, Flügelstück, Mittelstück, Bassröhre + Schallstück), die durch 3 U-förmige Rohrstücke aus Metall verbunden sind. Das Instrumentenrohr ist mit C-Stürze (tiefster Ton B₂) ca. 550 cm lang, mit A-Stürze (tiefster Ton A₂) ca. 610 cm. Im Unterschied zum Fagott hat das Kontrafagott keinen Stiefel.

Das Doppelrohrblatt-Mundstück wird wie beim Fagott auf den S-Bogen aufgesetzt. Die Rohrblätter sind größer als beim Fagott: 7–7,5 cm lang und am Anblasende 1,6–1,8 cm breit.

Das Kontrafagott wird heute fast ausschließlich nach dem Heckel-System (das auch als deutsches System bekannt ist) gebaut und hat ca. 21 Tonlöcher. Diese werden ohne Ausnahme durch Klappen geschlossen, es gibt also keine Grifflöcher, die mit den Fingern verschlossen werden wie beim Fagott.